Цель. Исследование направлено на анализ фактически сложившейся системы финансирования ВУЗов, и разработку рекомендаций по оптимизации методологии финансирования затрат ВУЗов Северо-Востока России с учетом региональной дифференциации и удорожания. Методы. Проанализирована нормативная бюджетная обеспеченность федеральных университетов и ее регулирование при помощи действующих корректирующих коэффициентов, основанная на принципе нормативно-подушевого финансирования. В основу анализа положена фактически сложившаяся система финансирования вузов-бюджетополучателей. Результаты. На основе результатов проведенного анализа были выявлены факторы удорожания образовательных услуг, предоставляемых вузами, расположенными в регионах с экстремальными условиями жизнедеятельности населения, функционирования экономики и инфраструктуры. Основным научным результатом исследования является научно-обоснованное заключение о необходимости мероприятий, направленных на поддержку вузов Северо-Востока России, обеспечивающих решение задач территориального развития, в том числе путем установления специальных повышающих коэффициентов к нормативам финансового обеспечения, учитывающих деятельность этих вузов в особых экономических и гео-климатических условиях. Научная новизна. Были использованы коэффициенты вариации при определении и анализе веса основных категорий затрат в структуре совокупных издержек ВУЗов. Выявлено, что действующая методология финансирования (субсидирования) ВУЗов, применяемая Министерством образования и науки РФ, не учитывает существенную дифференциацию весовых характеристик фактических затрат в структуре совокупных расходов университетов.