Цель. Выявление инструментария на этапах входа, трансформации и выхода в системе поддержки малого и среднего предпринимательства в целях определения эффективного сочетания применяемых методов в ходе реализации целевой программы. Методология и методы исследования. В качестве основного применяется системный подход, который позволяет оценить на основе синтеза взаимосвязи между отдельными элементами программы и выявить синергетический эффект. В статье также применяются методы сравнительного анализа, классификации, а также используются вторичные результаты эмпирических исследований. Настоящая работа основана на использовании только официальной статистики и отчетных данных, за исключением влияния теневого сектора экономики. Практические результаты. Увеличение числа малых предприятий и низкой эффективности существующей поддержки на местном и региональном уровне привели к сдерживанию развития предпринимательской деятельности. В статье представлен анализ опыта эффективного применения программно-целевого метода и используемого инструментария, что позволило на примере г. Нягани Ханты-Мансийского автономного округа выявить существующие преимущества и недостатки в реализации предпринимательского потенциала населения, а также определить основные направления совершенствования данного направления.