Цель. Повышение эффективности инструментария управления интеллектуальным капиталом региона путем формирования его структурных основ с позиций системного подхода и выявления перспективных направлений развития. Методы. Аналитическая часть статьи основана на контент-анализе работ, отражающих современное состояние исследований и разработок в области инструментального обеспечения управления интеллектуальным капиталом. В качестве способа реализации системного подхода к формированию структурных основ системы инструментов использовалось построение структурно-логических моделей на основе мыслительно-логических методов изучения систем, метода классификации и сравнительного анализа управленческого инструментария. Результаты. Показана несбалансированность развития инструментария управления интеллектуальным капиталом региона на современном этапе, выражающаяся в значительном преобладании отдельных групп инструментов, при слабой проработке других групп, а также в слабой представленности подходов, направленных на интеграцию и упорядочение управленческого инструментария. Сформирована модель, позволяющая структурировать инструменты управления на основе базовых этапов принятия управленческого решения и модели системы воспроизводства интеллектуального капитала. Предложены предпочтительные направления дальнейшего развития инструментария управления интеллектуальным капиталом. Обоснована роль программно-целевого подхода к управлению как одного из возможных перспективных путей развития инструментов управления интеллектуальным капиталом на системной основе. Научная новизна. Научная новизна обусловлена тем, что полученные результаты, в частности, структура системы инструментов управления интеллектуальным капиталом и направления развития инструментария, позволяют углубить знания об инструментах регионального развития в условиях формирования экономики знаний с позиций теории интеллектуального капитала и развить подходы к управлению интеллектуальным капиталом региона.