Цель. Статья посвящена изучению механизмов управления формированием и развитием инновационных подсистем на мезоуровне. Объект исследования. Объектом исследования выступает инновационная подсистема Республики Карелия. Результаты. В статье разработана методика и сформирована система показателей, характеризующая состояние и развитие региональной инновационной системы. На основе динамики индекса развития научного и инновационного потенциала разработан индекс инновационного развития регионов. Индекс включает в себя три блока: потенциал в создании инноваций, потенциал в коммерциализации инноваций и результативность инновационной политики региональных властей. Проведена оценка степени влияния составляющих инновационного потенциала на развитие инновационной подсистемы. На основе динамики индекса развития научного и инновационного потенциала разработан индекс инновационного развития регионов. В ходе исследования факторов, оказывающих влияние на развитие региональной инновационной подсистемы, обоснована необходимость выделения подсистемы производства новшеств и подсистемы коммерциализации инноваций. На основе сформированной системы показателей проведён анализ с выявлением наиболее значимых факторов, влияющих на развитие региональной инновационной подсистемы на мезоуровне. Научная новизна. Впервые наряду с освещением типичных методов оценки инновационного потенциала и инновационной активности обоснована необходимость выделения подсистемы производства новшеств и подсистемы коммерциализации инноваций. На основе сформированной системы показателей проведён анализ с выявлением наиболее значимых факторов, влияющих на развитие региональной инновационной подсистемы на мезоуровне.