Цель. Выявление методологических трудностей новых федеральных государственных образовательных стандартов подготовки бакалавров и магистров по направлению «Государственное и муниципальное управление» для выработки предложений по повышению эффективности образовательной деятельности в ходе подготовки выпускных квалификационных работ. Методы. Для достижения цели в статье использован системно-деятельностный методологический подход в ходе анализа нормативно-методических установлений стандарта и выработки предложений по характерным отличиям бакалаврской работы и магистерской диссертации. Результаты. На основе системно-деятельностного подхода к разрешению методологических трудностей стандарта профессиональной подготовки государственных и муниципальных управленцев в статье обоснованы должности, на которые должна идти подготовка, модернизированы виды профессиональной деятельности и на этой основе разработаны цели выпускных квалификационных работ бакалавров и магистров. Научная новизна. В качестве научно-методологической новизны использован системно-деятельностный подход для инновационной реализации профессионально-образовательного стандарта подготовки бакалавров и магистров по направлению «Государственное и муниципальное управление». Разработанные на основе этого подхода цели выпускных квалификационных работ относятся к научно-методической новизне статьи.